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Es verdad que en origen tenía que ver con el acarreo, pues "flete" viene del francés "fret" que a su vez venía del holandés "vrecht" que era en las tres lenguas el precio del transporte marítimo de mercancías.

Pero luego tomó sentidos figurados y derivando del transporte terrestre se acabó llamando "flete" a un caballo fácil de montar. Este sentido evoluciona sin dificultad en lenguaje vulgar hacia la cohabitación sexual por la deriva semántica del verbo "montar" y de ahí han salido estos otros sentidos vulgares. Se dice vulgarmente "darse un flete" con alguien en el sentido de disfrutar de sus favores sexuales. En Cuba, por ejemplo, la prostituta callejera que deambulaba peripatética buscando a quién ofrecer un flete se llamaba "fletera".

Sospecho que la persona que te preguntó cómo ibas con los fletes podía referirse a algo relacionado con esto. Pero no sé si su intención era insultante o meramente bromear, porque no conozco el contexto, ni el ambiente, ni la localización, ni la clase social, ni la situación en la que te lo dijo. Eso solo lo podías saber tú y la mejor manera de salir de dudas era haberle preguntado: "¿A qué te refieres con la palabra flete?"

fletes o fletos o flatos son pedos