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2 significados:

Cierne-s en plural.

El significado viene de un modo especial de volar que tienen los "cernícalos", batiendo las alas para mantenerse en el aire pero quietos, sin desplazarse. Es una forma de buscar comida. Por extensión, cuando algo está "en ciernes" es que se avecina, que viene y suele usarse para presagiar algo malo. (Lo que pensaría el ratón que va a ser cazado por el cernícalo que lo vigila desde arriba)

Otro significado:

Cierne, como operación.

Es pasar el harina, el grano o algún otro producto por el "cernedor" que es una especie de colador con un agujero de determinado tamaño, lo que es más pequeño pasa y lo que es más grande queda. Se usa, por ejemplo, cuando rebozas filetes en pan rallado, luego ciernes el pan rallado para que los pegotes queden en el cernedor y puedas tirarlos y el pan rallado fino caiga al plato y puedas guardarlo de nuevo.

Se usa en la expresión en cierne o en ciernes, que significa 'que algo está comenzando': un proyecto en ciernes.

Batir un terreno para registrarlo.

Cernir es la acción de pasar los ingredientes secos y en polvo por un cernidor o tamiz con el fin de hacer más fina sus consistencia, eliminar posibles grumos e incorporar aire.

cierne=cernir..

pero es el verbo conjugado....

El procedimiento consiste en utilizar una tamiz de red fina y hacer pasar poco a poco el ingrediente a cernir o tamizar, sacudiendo ligeramente para que pase al otro lado, y queden en el mismo las partículas más gruesas; en algunas recetas, recomiendan realizar esta operación varias veces hasta que el ingrediente quede totalmente liso y aireado. Se utiliza principalmente en la preparación de tartas para cernir la harina junto al polvo de hornear y la pizca de sal.

Cernir se utiliza como sinónimo de tamizar

Según el ejemplo que utilizaste, "encierne" se refiere a "florecer" o "comenzar" que está creciendo o "empezando ha hacer algo", pero que ya lo hace, eso es encierne.

La hambruna se cierne sobre los pobladores de esa tierra, donde no ha llovido desde hace tres años, la agricultura esta arruinada.

El gobernador en ciernes (o sea que va a ser el gobernador), llego tarde a la reunión

cierne es librar de impurezas ya sea la harina o el cemento haciéndola pasar por un cernedor