La temperatura di melting è detta anche temperatura di fusione la troviamo solitamente nella denaturazione del DNA viene indicata con la sigla Tm ed è la temperatura alla quale metà DNA si trova nello stato di doppia elica e metà nello stato denaturato definito come random coil. Questa temeperatura dipende da molte variabili quali la sequenza nucleotidica e la lunghezza totale del DNA; Il valore di tale temperatura fornisce un'indicazione della composizione in basi azotate della molecola dato che la presenza di numerose coppie di basi G-C e C-G aumenta tale valore
La temperatura di annealing (Ta) dei primer dipende dal loro contenuto in G+C e dalla loro lunghezza e quindi dalla temperatura di fusione tra primer e la sua elica complementare
sul DNA stampo. Considerando primer di lunghezza media di 20 basi una formula empirica spesso utilizzata per il calcolo della Tm è la seguente:
Tm = [4(G + C) + 2(A + T)] °C.
Dove G, C, A e T indicano il numero di nucleotidi contenenti le basi azotate guanina, citosina, adenina o timina. Nel caso che i due primer abbiano Tm diverse generalmente si considera quello con la Tm più bassa. Solitamente si utilizza come temperatura di annealing la Tm-5 °C
La temperatura di Denaturazione è di circa 94°C, ed è quella che denatura per separare i due filamenti dalla molecola stampo.
Queste tre temperature le troviamo nella Denaturazione del DNA e sono tutte e 3 collegata l'una all'altra.
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La temperatura di melting è detta anche temperatura di fusione la troviamo solitamente nella denaturazione del DNA viene indicata con la sigla Tm ed è la temperatura alla quale metà DNA si trova nello stato di doppia elica e metà nello stato denaturato definito come random coil. Questa temeperatura dipende da molte variabili quali la sequenza nucleotidica e la lunghezza totale del DNA; Il valore di tale temperatura fornisce un'indicazione della composizione in basi azotate della molecola dato che la presenza di numerose coppie di basi G-C e C-G aumenta tale valore
La temperatura di annealing (Ta) dei primer dipende dal loro contenuto in G+C e dalla loro lunghezza e quindi dalla temperatura di fusione tra primer e la sua elica complementare
sul DNA stampo. Considerando primer di lunghezza media di 20 basi una formula empirica spesso utilizzata per il calcolo della Tm è la seguente:
Tm = [4(G + C) + 2(A + T)] °C.
Dove G, C, A e T indicano il numero di nucleotidi contenenti le basi azotate guanina, citosina, adenina o timina. Nel caso che i due primer abbiano Tm diverse generalmente si considera quello con la Tm più bassa. Solitamente si utilizza come temperatura di annealing la Tm-5 °C
La temperatura di Denaturazione è di circa 94°C, ed è quella che denatura per separare i due filamenti dalla molecola stampo.
Queste tre temperature le troviamo nella Denaturazione del DNA e sono tutte e 3 collegata l'una all'altra.